膠囊劑在制取全過程中受微生物菌種環境污染的機遇許多，如空囊殼在運送和儲放全過程中，在制做添充的全部全過程中，內、外包裝盒原材料等都是環境污染微生物菌種。中藥材全粉做成膠囊劑環境污染更比較嚴重，處理方式不正確，經常在儲放全過程中就出現內容物成軒或成條索。

GMP膠囊口服制劑潔凈車間應遵照“三融洽”標準即人工流產貨運物流融洽、生產流程融洽、清潔級別融洽，恰當區劃生產制造生產流程。中生產制造地區的清潔差別，按生產流程有效布局，防止生產工藝流程的曲折、來回與人、貨運物流交叉式等。

潔凈車間軟膠囊劑和硬膠囊劑一樣能遮蓋藥品的欠佳味道、降低刺激、避免氧化分解以提升藥品的可靠性。軟膠囊劑生產制造的全部曝露工藝流程也均應處于三十萬級的清潔自然環境中，軟膠囊室內溫度去濕用的低環境濕度氣體的潔凈度等級也理應是同一清潔級別。